Коммерческая организация «Шанс» (Заказчик) заключила с научно-исследовательским институтом «Заря» (Исполнитель) договор на выполнение опытно-конструкторской работы (ОКР) на разработку и изготовление опытного образца изделия по профилю НИИ

Коммерческая организация «Шанс» (Заказчик) заключила с научно-исследовательским институтом «Заря» (Исполнитель) договор на выполнение опытно-конструкторской работы (ОКР) на разработку и изготовление опытного образца изделия по профилю НИИ. Срок выполнения договора был установлен на период с 01.07.12 по 31.12.12 с правом долгосрочной аренды.
В соответствии с договором организация «Шанс» перечислила 10.07.12 на расчетный счет НИИ «Заря» аванс в размере 20 000 руб., который НИИ «Шанс» и принял к зачету по расчетам с бюджетом по НДС за 3 квартал 2012 г.
Для выполнения ОКР научно-исследовательским институтом в этом же квартале были закуплены в оптовой торговле материалы и комплектующие изделия на сумму 60 000 руб., включая НДС.
10.12.12 был подписан акт сдачи-приемки опытного образца изделия и 20.12.12. НИИ «Заря» получил под расчет еще 240 000 руб. с выделением в платежном поручении НДС в размере ? руб.
Заказчик по просьбе Исполнителя оформил счет-фактуру на всю выполненную ОКР, что дало возможность последнему принять к зачету по взаимоотношениям с бюджетом НДС на сумму НДС.
При документальной проверке бухгалтерской отчетности по предпринимательской деятельности НИИ «Заря» сотрудники налоговой инспекции выделили следующие проводки по рассматриваемому договору:
Дата Содержание операции Документ Сумма, Руб. Корреспондирующие счета

Дебет Кредит
11.07.07 Получен аванс по договору с фирмой «Шанс» Выписка из расчетного счета 120 000 51 64
11.07.07 Отражена реализация Расчет 120 000 64 90
11.07.07 НДС по авансу Расчет ? 90 68
20.07.07 Перечислено поставщику за материалы Выписка из расчетного счета 60 000 60 51
25.07.07 Поступление материалов Платежное поручение 50 000 10 60
25.07.07 НДС по поступившим материалам Счет-фактура ? 19-3 60
30.07.07 Списание материалов на выполненную ОКР Требование 50 000 20 10
30.07.07 Списание НДС по израсходованным материалам Требование ? 68 19-3
20.12.07 Получено от фирмы «Шанс» за выполненную работу Выписка из расчетного счета 240 000 51 64
20.12.07 Отражена реализация Расчет 240 000 64 90
20.12.07 НДС по выполненной работе Расчет
90 68
Анализируя порядок учета затрат и результатов в целом по НИИ «Заря», аудиторы сделали следующие выводы:
1) учет затрат и результатов (в том числе порядок учета и зачета НДС) ведется раздельно по каждой выполняемой научно-исследовательской или опытно-конструкторской работе (в том числе и по рассматриваемой ОКР);
2) основным видом деятельности НИИ является выполнение НИОКР, финансируемых из госбюджета. По этим работам НИИ имеет льготы по НДС, то есть на эти работы НДС не начисляется;
3) по анализируемой ОКР как Заказчик, так и Исполнитель НДС начисляют, считая, что если работа не финансируется из бюджета, она не должна иметь льгот по НДС;
4) выполненные бухгалтерские проводки по учету и зачету НДС в рамках анализируемой ОКР не соответствуют действующему законодательству по начислению и перечислению НДС в бюджет.
Предлагается проанализировать ситуацию, выявить допущенные НИИ ошибки, подтвердить свое заключение ссылками на соответствующие пункты нормативных документов и сделать выводы о финансовых санкциях, которые могут быть применены по отношению к проверяемой организации за допущенные ошибки в бухгалтерском учете и отчетности.
Предложите свои, с Вашей точки зрения, верные проводки. В заключение приведите исправительные (восстановительные) бухгалтерские записи, которые должны быть сделаны после выявления допущенного нарушения.